Московский метрополитен является одним из наиболее эффективных ведущих видов городского транспорта и перевозит в настоящее время до 3,2 млрд. человек в год, что по численности сопоставимо с численностью населения Китая, Индии и всей Европы вместе взятых. До 60 % перевозок в городе осуществляется метрополитеном в «часы пик». Из года в год увеличивается пассажиропоток, совершенствуются технологические процессы текущего содержания и ремонта coopужений и оборудования метрополитена.. Растет протяженность линий. В настоящее время в эксплуатации находится 178 станци, и протяженность линий метро составляет 300 километров. Обеспечением контроля за поддержанием санитарно-эпидемиологического благополучия на объектах метрополитена занимается филиал ФГУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в г. Москве» на метрополитене.
В мае 1935 года с пуском первой линии метро была создана врачебно-санитарная служба Московского метрополитена, которая подчинялась Главному врачебно-санитарному управлению Наркомата путей сообщения. Первым начальником и её создателем был А.И. Рудерман.
15 февраля 1944 года при враче6но-санитарной службе была создана дезинфекционная станция Московского метрополитена, которую организовала и возглавила О.С. Калинина. В мае 1947 года при этой же службе создали лабораторию по проведению клинических, биохимических и санитарно-гигиенических анализов под руководством А.М. Калягиной. До создания лаборатории врачи здравпунктов, находящиеся в составе врачебно-санитарных отделений, проводили замеры температуры, влажности и скорости движения воздуха на станциях.
31 марта 1948 года приказом Главного врачебно-санитарного управления МПС и начальника Московского метрополитена от № 108/37 «О реорганизации врачебно-санитарной службы Метрополитена» была создана Дорожная внеклассная санитарно-эпидемиологическая станция Московского метрополитена (СЭС Мосметрополитена). В то время в составе СЭС Мосметрополитена было два отдела коммунальной и промышленной гигиены. Отделы располагались в разных местах Москвы. Первым главным врачом СЭС была Н.В.Наумова.
В 1955 году в санитарно-эпидемиологическую станцию метрополитена входили отделы: санитарно-противоэпидемический, промышленной санитарии и гигиены труда; лаборатория с отделениями: бактериологическим, жилищно-коммунальным, пищевым, профилактической дезинфекции.
За время существования санэпидслужбы на метрополитене подчиненность учреждения многократно менялась. Вначале СЭС была в составе Врачебно-санитарной службы метрополитена Министерства путей сообщения. С переводом метрополитена в подчинение Мосгорисполкома, санэпидстанция перешла в подчинение Городской санэпидстанции Москвы. В 1976 году московский метрополитен был вновь переведён в систему Министерства путей сообщения СССР, а СЭС перешла в подчинение Дорожной СЭС Московской дороги с 1976 по 1977 год. В последствии наша СЭС была передана в непосредственное подчинение Главному врачебно-санитарному управлению МПС. Название учреждения также с годами изменялось в соответствии, с изменением структуры санэпидслужбы страны. СЭС метрополитена переименовывалась в СЭС МСЧ-63, затем в СЭС № 2 МПС и, наконец, вновь СЭС московского метрополитена.
В 1992 году приказом Департамента здравоохранения МПС № ЦУВС – 4/22 санитарно-эпидемиологическая станция была переименована в Центр санитарно-эпидемиологического надзора Московского метрополитена.
На основании постановления Правительства Российской Федерации от 24.07.2000 г. № 554 “Об утверждении Положения о Государственной санитарно-эпидемиологической службе РФ” и Указания МПС РФ от 22.08.2000 г. № 192 пр-у Центр санэпиднадзора Московского метрополитена переименован в Центр государственного санитарно-эпидемиологического надзора на Московском метрополитене (ЦГСЭН).
На основании приказа Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека от 18.01.2005 № 5 “О проведении реорганизации центров госсаннадзора” ЦГСЭН на Московском метрополитене был переименован в филиал Федерального государственного учреждения здравоохранения “Центр гигиены и эпидемиологии в городе Москве” на метрополитене, который стал преемником ЦГСЭН.
С 1955 года по 1961 год Главным врачом СЭС была А. П. Зайцева.
С 1961 года учреждение возглавила А.М. Калягина. Александра Михайловна была специалистом высшей квалификационной категории. Фактически основоположником основных традиций санэпиднадзора на Московском метрополитене. А.М. Калягина большое внимание уделяла научно-практической работе, воспитанию молодых кадров. Под ее руководством и при активном участии химика СЭС Т.М. Бауковой была проведена совместно с санитарно-технической службой метрополитена очень обстоятельная научно-практическая работа по изучению микроклимата подземных сооружений метрополитена, которая завоевала Серебряную медаль ВДНХ СССР. А.М. Калягина была соавтором нескольких работ, проведенных совместно с ЦНИИЛГЭ (ныне ВНИИЖГ), которые были посвящены микроклимату метрополитена, условиям проезда пассажиров и условиям труда работающих.
Таким образом, с первых лет существования санитарной организации на метрополитене были заложены хорошие традиции тесной связи с научными организациями гигиенического профиля: ВНИИЖГ, институтами Гигиены труда и Гигиены питания АМН СССР, институтом Вакцин и сывороток им. Мечникова, институтом Общей и коммунальной гигиены им. Сысина, институтом им. Сербского, лабораторией иммунологии и др. Следствием их творческого сотрудничества и выработанных рекомендаций явилось то, что отдельные категории работников служб, работающих в ночное время, получили льготы: 6-часовой рабочий день и 24-дневный отпуск.
Двадцатилетние исследования микроклимата были положены в основу проектирования вентиляции новых линий метрополитена. Разработаны “Санитарные правила по содержанию станций, тоннелей и подвижного состава метрополитена”.
По предложению СЭС были созданы: производственная лаборатория микроклимата и вентиляционная группа по надзору за промышленной вентиляцией в электромеханической службе, лаборатория по контролю за уровнями шума и вибрации в службе тоннельных сооружений.
По инициативе и рекомендациям СЭС разработаны “Санитарно-гигиенические характеристики условий труда работающих в основных службах метрополитена”.
А.М. Калягина возглавляла службу с 1961 года по 1977 год. На смену ей пришел Г.В.Егоров, который проработал главным врачом до 1982 года. Затем на этом посту его сменил Г.Г. Онищенко, проработавший в нашей организации до 1983 года.
В 198З году главным врачом была назначена Т.А.Дубровская, которая проработала в этой должности 24 года – до мая 2007 года. За время своей работы Т.А. Дубровская стала врачом высшей квалификационной категории, кандидатом медицинских наук, затем доктором меднаук, Заслуженным врачом Российской Федерации. В 90-х годах санэпидслужба метрополитена под руководством Т.А. Дубровской приняла участие в подготовке целого ряда документов гигиенического характера, призванных привести в соответствие строительные и санитарные нормативы при проектировании и строительстве объектов метрополитена, улучшить условия труда строителей и эксплуатационников метро, а также оптимизировать условия проезда пассажиров. За последние годы под руководством и при непосредственном участии Дубровской Т.А. повышен уровень санитарно-эпидемиологического благополучия пассажирских перевозок и условий труда работников метрополитена. Разработана и внедрена система гигиенического мониторинга состояния микроклимата и уровня загрязнения воздушной среды подземных сооружений метрополитена, направленная на обеспечение эпидемиологической безопасности населения города Москвы. Впервые разработан и обеспечен комплекс мер по противодействию химическому и биологическому терроризму на метрополитене.
С мая 2007 года главным врачом филиала ФГУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в городе Москве» назначен Стовбур Н.Н., руководивший одной из ведомственных санитарных служб (кандидат медицинских наук, государственный советник Российской Федерации 3 класса).

СОТРУДНИКИ, проработавшие 20 и более лет:
- Врачи: Катамадзе Б.А. – врач -дезинфектолог, Хронина В. А. – зав.отделением, Воронцова М. Б. – зав. отделом, Кушнарева Е.В. – врач- дезинфектолог.
- Помощники санитарных врачей: Езеева Т.В., Мигерова И.А., Губарева Е.И., Черкасова Н.К., Курятникова Т.П. – фельдшер лаборант , Лебедева Т.В. – лаборант.
- Инструктора – дезинфекторы: Аникеева Н.М., Кедь М.И., Бондарева В.П., Козлова Л.А., Ермолаева Т.А.
- Медицинские дезинфекторы: Андриянова Е.В., Сурова А.А., Казанцева В.Д., Трусова Н.В., Зубкова Т.М., Варнавина Г.Г.
СОТРУДНИКИ, которые проработали 30 лет и более:
- Врачи: Дубровская Т.А. – главный врач, Баукова Т.М. – врач по санитарно-гигиеническим исследованиям, Федорова Н.А. – врач по санитарно- гигиеническим исследованиям, Копельман К.А. – инженер по вентиляции;
- Помощники санитарных врачей: Глазунова М.Г., Удалова Н. С., Коновалова Т.И., Харламова Л.И., Попова О.С.
- Басерова В.С. – инструктор дезинфектор, Деревянных А.И. – инструктор дезинфектор, Пшеничных О. В. – инструктор дезинфектор.