Филиал был образован в ходе реорганизации госсанэпидслужбы в 2005г. В этот период на базе ЦГСЭН в ЗАО были созданы две структуры: филиал ФГУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в городе Москве» и территориальный отдел Управления Роспотребнадзора по городу Москве в ЗАО.
В свою очередь, ЦГСЭН в ЗАО был создан в связи с изменением административно-территориального деления г. Москвы и образованием Западного округа в 1991 г. путем слияния Центров госсанэпиднадзора Киевского, Кунцевского, Гагаринского и Солнцевского районов Москвы, созданных на основе районных СЭС.
Штаты вновь созданного Центра объединили практически все штаты четырех бывших СЭС и составили 452 человека.
В наследство Центру достались также и помещения районных санэпидстанций.

После проведения реконструкции удалось сосредоточить основные оперативные подразделения и администрацию в здании на Б.Филевской, все объединенные лаборатории и, тяготеющие к ним, эпидемиологический и паразитологический отделы и отдел контроля за ЛПУ в здании на Вересаева.
В состав Западного округа вошли 13 вновь образованных районов, которые в отличие от старых упраздненных некоторое время называли «муниципальными»:

Население округа более миллиона человека (10,2% населения Москвы).
Природной особенностью округа является значительная площадь озеленения: зеленые массивы и насаждения составляют 14,4% его территории. Здесь расположены обширные природно-парковые зоны: Филевский ПКиО, парк им. 50-летия Октября, Суворовский парк, парк им.ХХ-го съезда КПСС, парк Победы на Поклонной горе, парк на Воробьевых горах, природно-ландшафтный комплекс Москворецкий.
По территории округа протекают реки Москва, Сетунь, Раменка. Здесь много водоемов, в т.ч. Олимпийские, Очаковские и Мещерские пруды.
В то же время Западный округ является промышленном округом. Здесь находится более 700 предприятий 37 отраслей. Наибольшее число объектов относятся к промышленности строительных материалов, пищевой промышленности, транспорту, связи. Имеются также предприятия оборонной промышленности, приборостроения, энергетики, химической промышленности.
В округе 8 крупных транспортных автомагистралей: Можайское, Боровское, Аминьевское шоссе, Кутузовский, Вернадского, Мичуринский проспекты, МКАД, открытая линия метро и 2 железнодорожные магистрали Киевского и Белорусского направлений.
Главным врачом Центра госсанэпиднадзора в ЗАО был назначен главврач СЭС Киевского района Гладких А.М., а главврачи Гагаринского р-на – Лидэ С.В. и Солнцевского р-на – Суханов А.И., его заместителями.
Каждая из санэпидстанций, составивших Центр госсанэпиднадзора Западного округа, имела свою историю и самую большую из них СЭС Киевского района.
Санитарно-эпидемиологическая станция Киевского района появилась в 1950 г. как правопреемник Государственной санитарной инспекции Киевского района. Размещалась она в жилом доме, стоящем на углу ул. Арбат и Конюшенного пер.
Кроме того, в поликлиниках района были кабинеты для эпидемиологов СЭС. Вообще, основной уклон работы был эпидемиологический, эпидотдел был самым большим и включал в себя помимо эпидемиологического отделения, бактериологическую лабораторию и паразитологическое отделение.
Длительное время отдел возглавляла ШУМОВА Бетти Ильинична, являвшаяся районным эпидемиологом, заместителем главного врача.
Главным врачом СЭС со дня её образования по 1965г. был КРАСАВИН Иван Федорович.
С уходом Ивана Федорович на пенсию главным врачом назначается ЗАЙДНЕР Григорий Борисович.
В этом же году к Киевскому району были приписаны территории бывшего Кунцевского района Московской области, а санэпидстанция переехала в отдельно стоящее двухэтажное здание по адресу: Б.Филевская ул., д.33.
В 1969г. территория бывшего Кунцевского района Московской области была выделена в Кунцевский район г. Москвы. На базе Киевской санэпидстанции образована СЭС Кунцевского района, вскоре получившая отдельные помещения.
Сложившийся Киевский район, начинался у стен Кремля, простирался на юго-запад до Минской улицы, с севера ограничивался рекой Москвой, с юга – речкой Сетунь. Граничил с пятью районами: с севера – с Краснопресненским и Ворошиловским, востока – Ленинским, юга – Гагаринским, с запада – Кунцевским.
Территория района – 1890 га, численность проживающего населения – 173 тысячи, работающих – 250 тысяч.
Основные транспортные магистрали, проходящие через район – проспекты Калининский, Кутузовский, Маршала Гречко; Дорогомиловская и Смоленская улицы, участки Садового и Бульварного кольца.
Особенностью района являлось сосредоточение в нем различных управленческих организаций и руководящих учреждений. Здесь находились СЭВ, 13 союзных министерств, в т.ч. МИД, МВТ, Минцветмет, Минуглепром, Минлегпром и др.
В то же время в районе была хорошо развита промышленность. На его территории размещались 76 промпредприятий 16 отраслей, в т.ч. химической промышленности – НПО «Пластик», средств связи – НПО «Рубин», приборостроения – 1 МПЗ, строительной индустрии – МЗ ЖБТ, ДОК-7, завод кровельных и полимерных материалов, полиграфии – типография № 2 издательства «Наука», типография № 7 «Искра революции», энергетики – ТЭЦ-12.
Продолжая развиваться, Киевская СЭС вела строительство одно-двухэтажной пристройки с актовым залом, просторным фойе, большим набором кабинетов.
Введенное в 1970г. в эксплуатацию объединенное здание стало одним из лучших помещений РайСЭС Москвы того времени. В таком виде оно и просуществовало вплоть до образования Центра госсанэпиднадзора Западного административного округа г. Москвы. Практически неизменным оставалась и структура, и штатная численность организации.
СЭС состояла из двух отделов: санитарно-гигиенического и эпидемиологического. В санитарно-гигиенический отдел входили отделения гигиены труда, питания, детей и подростков, коммунальной гигиены и санитарно-гигиеническая лаборатория.
В 1979г., так много сделавший для развития санэпидстанции, ЗАЙДНЕР Григорий Борисович перешел на другую работу. Некоторое время на посту главврача находился АЛЕКСАНДРОВ, с 1981 по 1984гг. Казьменко Александра Федоровна.
С 1985г. Киевскую СЭС вплоть до упразднения районов возглавлял ГЛАДКИХ Анатолий Михайлович.

В этот период штат СЭС составлял 130 человек.
Санэпидстанцию Киевского района была всегда одной из самых лучших в Москве.
В ней сложился хороший коллектив высокопрофессиональных работников неоднократно завоевывавший призовые места среди медицинских учреждений г. Москвы.
Большая заслуга в этом принадлежит: ГОЛЬДМАН Марии Михайловне – заведующей санитарно-гигиеническим отделом, ТАТАРОВСКОЙ Вере Андреевне – заведующей отделением гигиены питания, СОЛОВЬЕВОЙ Любовь Ивановне – заведующей отделением гигиены детей и подростков, КРУТОВОЙ Лидии Ивановне – заведующей бак. лабораторией; помощникам эпидемиолога, отработавшим в учреждении более 40 лет: БУГРОВОЙ Любовь Ивановне, КАЩЕЕВОЙ Павлине Ивановне, ПОЛЯКОВОЙ Александре Сергеевне, ЕРМИЛОВОЙ Таисии Николаевне, ШЕНДЕРЕВОЙ Лидия Федоровне, ВИНОГРАДОВОЙ Ленине Яковлевне, ЛАТИНОЙ Инне Александровне, НЕЧАЕВОЙ Валентине Петровне и многим другим.
В восьмидесятые годы на текущем санитарном надзоре Киевской СЭС находилось 1 тыс. объектов, на которых в год проводилось 6-10тыс. обследований, санитарно-гигиенической лабораторией выполнялось 14-16тыс. анализов, бактериологической – 50-70тыс. исследований.
В 1991г. в связи с упразднением районов и реорганизацией санэпидслужбы закрылась последняя страница славной истории СЭС Киевского района. Коллектив СЭС в полном составе вошел во вновь созданный Центр государственного санитарно-эпидемиологического надзора Западного административного округа г. Москвы, продолжив в новой организации все свои лучшие традиции.
Санитарно-эпидемиологическая станция Кунцевского района была сформирована в 1969г. на базе Киевской СЭВ. Возглавила её заведующая санитарно-гигиеническим отделом Киевской СЭС ДУЕВА Светлана Ивановна, проработавшая главным врачом вплоть до упразднения районов и образования ЦГСЭН Западного округа.
Некоторое время санэпидстанция размещалась в здании Киевской СЭС.
Вскоре санэпидстанция вновь созданного района получила свои помещения в жилом доме по адресу: ул. Боженко, д.14.
Успешно выполняя свои основные функции, Кунцевская СЭС добилась выделения участка и совместно с Министерством геологии начала строительство большого 14-ти этажного здания на ул. Вересаева.
В 1990г. строительство было закончено, и коллектив СЭС разместился в новых помещениях.
За свою непродолжительную историю СЭС Кунцевского района оставила в памяти службы много хороших имен. Здесь работали: зав.отделением гигиены труда, будущая зам.руководителя Роспотребнадзора, ГУЛЬЧЕНКО Людмила Павловна, зав.санитарно-гигиеническим отделом БРЕДНИКОВА Анфилогена Петровна, ГАЛУШКИНА Галина Андреевна – зав. эпид. отделом, АЛЕШИНА Анна Ивановна, ПРИЕЗЖЕВА Наталья Васильевна – зав.отд.гигиены питания, ТАРАСОВА Людмила Александровна – врач-лаборант санитарно-гигиенической лабораторией и многие другие.
Санитарно-эпидемиологическая станция Гагаринского района была образована в 1969 году после разукрупнения существующих к тому времени районов г. Москвы и сформировалась, в основном, за счет сотрудников бывшей СЭС Ленинского района, взяв под свой контроль объекты, расположенные на его территории в микрорайонах Очаково, Матвеевское, проспект Вернадского, Мосфильмовская, Тропарево.
СЭС разместилась по адресу: ул. Удальцова, д.4, но вскоре переехала в помещение бывшего детского сада по адресу: ул. Мосфильмовская, д.4. С 1982 года СЭС находилась в здании по адресу: ул. 26 Бакинских комиссаров, д.11.
Как и в других РайСЭС того времени, структура Гагаринской санэпидстанции была представлена: санитарно-гигиеническим отделом, состоящим из отделений: коммунальной гигиены, гигиены питания, труда, гигиены детей и подростков; и эпидемиологическим отделом, состоящим из эпидемиологического и паразитологического отделений. В состав СЭС, кроме того, входили микробиологическая и санитарно-гигиеническая лаборатории.
По мере увеличения задач, стоящих перед санитарной службой, были организованы новые подразделения: отделы санэпиданализа и охраны окружающей среды.
В 70-90 годы на территории Гагаринского района велось бурное строительство, в связи с чем, важнейшим разделом работы специалистов СЭС был предупредительный санитарный надзор.
Большой вклад СЭС Гагаринского района внесла в организацию и проведение Всемирных Олимпийских игр 1980 года. Для проживания участников игр в районе была построена Олимпийская деревня со спортивными сооружениями, объектами питания и коммунального обслуживания, а также ряд других Олимпийских объектов: гостиницы «Спорт», «Салют», «ЦДТ» и другие. Кроме большой работы по предупредительному и текущему надзору за этими объектами, проведенной СЭС Гагаринского района, ряд её сотрудников работали в составе временно организованной СЭС Олимпийской деревни.
Развивающаяся СЭС Гагаринского района достигла определенных положительных результатов по разным направлениям деятельности. За годы работы сформировался коллектив высококвалифицированных специалистов.
В 1969 году вновь образованную СЭС Гагаринского района возглавил старейший работник санитарной службы Ойхиян Григорий Давидович;
С 1972 по 1986гг. руководство СЭС осуществляла Рагозина Зинаида Марковна.
С 1987 по 1991гг. главным врачом СЭС была Лидэ Светлана Викторовна, работавшая в СЭС с её основания в качестве заведующей эпидотделом.

В течение ряда лет возглавляли разные отделы:
Бейлинсон Александр Ефимович, Поварова Людмила Мефодиевна, Бандура Наталия Васильевна, Курбатова Валентина Дмитриевна, Блинкова Ирина Сергеевна, Милявская Анна Николаевна, Чистякова Галина Геннадиевна.
Санитарно-эпидемиологическая станция Солнцевского района.
24 октября 1983г. Указом Президиума Верховного Совета РСФСР г. Солнцево был переведен в подчинение Мосгорисполкома, а 10 мая 1984г. на карте г. Москвы появился новый район – Солнцевский, полностью расположенный за пределами Московской кольцевой автомобильной дороги. Территорию района составили рабочие поселки: Мещерский, Внуково, Переделкино, Чоботово, Толстопальцево; деревни: Терешково, Суково, Орлово, Федосьино, Лукино, Лазенки, и сам город Солнцево.
Санитарно-эпидемиологическая станция Солнцевского района г. Москвы образована в 1984г. на базе существующей СЭС г. Солнцево Ленинского района Московской области. СЭС размещалась в помещениях первого этажа жилого дома по адресу: Солнцевский пр-т, д.9, санитарно-гигиеническая и микробиологическая лаборатории размещались в помещения поликлиники № 194 (Солнцевский пр-т, д.8).
Штатная численность работников СЭС составляла 56 должностей, из них врачей – 21, среднего медперсонала – 29, младшего медперсонала – 4, прочих –3.
За несколько лет с 1984г. по 1991г. район стремительно разросся, построено 7 новых жилых микрорайонов, 14 школ, 26 детских садов, 7 поликлиник, лечебный корпус 17 городской больницы, крупнейшие в Европе пищевые предприятия: «Мак-Дональдс» и «Кока-Кола».
К 1991г. население Солнцевского района увеличилось с 91 до 170 тыс. человек. В связи с бурным развитием района, ведущим разделом в работе СЭС стал предупредительный надзор на всех его этапах строительства.
С момента организации в 1984г. по 1990г. СЭС Солнцевского района возглавлял Бейлинсон Александр Ефимович, с 1990г. – Суханов Аркадий Иванович, ранее занимавший должность заведующего сан. отделом.
В течение многих лет возглавляли отделы и лаборатории СЭС Солнцевского района: Разумеев Е.И., Воинова Н.В., Прихожан Л.М., Зудинова Т.И., Взорова Т.В., Памов Л.Ф., Мокин В.Н., Зайднер И.Г., Крылова Л.Н., Титова В.А., Павлова Н.Г.
С 1984г. по 1991г. сотрудниками достигнуты положительные результаты по всем направлениям деятельности СЭС Солнцевского района (ЦГСЭН). За достигнутые успехи в профилактике инфекционной, паразитарной и неинфекционной заболеваемости, в санитарном просвещении населения, в обеспечении санитарно-эпидемиологического населения района СЭС Солнцевского района неоднократно побеждала в конкурсах, проводимых Райздравотделом, награждалась почетными грамотами Исполкома Райсовета и Райкома партии.