До 1990 года государственная санитарно – эпидемиологическая служба в аэропорту была представлена санитарно – карантинным пунктом и ведомственной санитарно – эпидемиологической станцией ЦУМВС СССР.
Приказом Министра здравоохранения СССР и Министра гражданской авиации СССР от 07 декабря 1988 года № 867/186 состоялась передача санитарно – эпидемиологических станций гражданской авиации в систему санитарно – эпидемиологической службы Министерства здравоохранения СССР. В результате данной передачи ведомственная санэпидстанция в 1990 году была реорганизована в Шереметьевскую СЭС на воздушном транспорте.
Главным врачом назначена Зубкова Юлия Николаевна, которая руководила учреждением до марта 2005 года.
В соответствии с Постановлением Правительства Совета Министров РСФСР № 375 от 01.07.1991г., приказом Государственного комитета РСФСР санитарно – эпидемиологического надзора № 70-пр от 01.10.1991г. 02.01.1992 года Шереметьевская СЭС на воздушном транспорте переименована в центр Госсанэпиднадзора на воздушном транспорте.
28.12.1993 года в соответствии с приказом Госкомсанэпиднадзора РФ №68 от 22.07.1993г. Шереметьевский центр Госсанэпиднадзора на воздушном транспорте передан в подчинение Средне – Европейского регионального центра Госсанэпиднадзора на транспорте.
Приказом Средне – Европейского регионального центра на транспорте Шереметьевский центр Госсанэпиднадзора на воздушном транспорте переименован в Шереметьевский зональный центр Госсанэпиднадзора на воздушном транспорте.
В соответствии с приказом Госкомсанэпиднадзора России от 25.03.1996 г. № 41 произведена передача Шереметьевского зонального центра Госсанэпиднадзора на воздушном транспорте в центр Госсанэпиднадзора в городе Москве и во исполнение приказа центра Госсанэпиднадзора в городе Москве № 98 от 18.06.1996г. переименован в центр Госсанэпиднадзора на транспорте в Шереметьево.
Для усиления санэпиднадзора за санитарной охраной территории г. Москвы и во исполнение письма ГКСЭН № 10-10/212-101 от 18.07.1996г. с 01.09.1996г. в штат центра Госсанэпиднадзора на транспорте в Шереметьево введено санитарно – карантинное отделение из состава отдела организации эпиднадзора за ООИЗ ЦГСЭН в городе Москве.
В результате организации госсанэпидслужбы РФ во исполнение Распоряжения Правительства г. Москвы № 23 -р от 13.01.2005г. центр Госсанэпиднадзора на транспорте в Шереметьево реорганизован в форме слияния и переименован в филиал Федерального государственного учреждения здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии в городе Москве» на транспорте в
Шереметьево с 23.03.2005г.
Главным врачом назначен Пилько Александр Егорович.
